- Oggetto:
- Oggetto:
Zoologia evolutiva con laboratorio (corso non attivato per l'a.a. 2010/2011)
- Oggetto:
Anno accademico 2009/2010
- Codice dell'attività didattica
- MFN0427
- Corso di studi
- Scienze Biologiche D.M. 270
- Anno
- 3° anno
- Periodo didattico
- I semestre II semestre
- Tipologia
- Affine o integrativo
- Crediti/Valenza
- 8
- SSD dell'attività didattica
- BIO/05 - zoologia
- Oggetto:
Sommario insegnamento
- Oggetto:
Programma
Concetti teorici di filogenesi e descrizione delle metodologie di indagine
Preparazione di matrici di caratteri, applicazione delle metodologie di indagine
Elaborazione dati mediante l'utilizzo di programmi computerizzati
Natura dei marcatori genetici e loro utilizzo per scopi conoscitivi e applicativi. Diversi tipi di marcatori genetici utilizzabili per i diversi livelli di indagine. Richiami di genetica di popolazioni.
I vari metodi di ottenimento di marcatori genetici polimorfici.
Metodi basati sull’ibridazione fra acidi nucleici.
Metodi basati sull’ottenimento di prodotti di PCR specifici o genericamente a singolo locus utilizzando DNA plastidiale, mitocondriale e nucleare. Metodi basati sull’ottenimento mediante PCR di profili casuali, semi- casuali o genericamente multi-locus.
Single nucleotide polymorphisms (SNPs). Metodi di ottenimento e applicazioni. Uso delle sequenze nucleotidiche come marcatori di polimorfismo genetico. Applicazioni per l’inferenza filogenetica.
Richiami di sicurezza in laboratorio e precisazioni sull’uso appropriato delle attrezzature.
Estrazione di DNA totale da cellule di mucosa boccale mediante Chelex-100. Estrazione di DNA totale da invertebrati mediante “salting out”
Allestimento di reazioni di PCR su campioni di DNA nucleare umano per evidenziare loci dimorfici per inserzione di elementi Alu. Allestimento di reazioni di PCR su campioni di DNA nucleare umano per evidenziare loci microsatellitari
Allestimento di reazioni di PCR su campioni di DNA nucleare di invertebrato per evidenziare polimorfismi semi-casuali
Preparazione di un gel di agaroso Migrazione elettroforetica e purificazione da gel di agaroso di marcatori multilocus di invertebrato. Invio per il sequenziamento a ditta esterna
Analisi su gel di agaroso dei risultati ottenuti dalle reazioni su DNA umano. Preparazione di un gel di poliacrilammide.
Caricamento su gel di poliacrilammide dei campioni microsatellitari umani. Migrazione elettroforetica. Colorazione del gel mediante impregnazione argentica.
Caratterizzazione delle sequenze di invertebrato. Confronto contro GeneBank. Metodi statistici e di elaborazione dei dati ottenuti mediante l’uso di marcatori genetici. Programmi di elaborazione dei dati di polimorfismo genetico e di sequenziamento
Discussione e commento dei risultati ottenuti nel corso delle attività di labratorio.
Lessons
Phylogenetic theories and description of the methodologies applied to data sets. Preparation of character matrices. Phylogenetic reconstruction with the application of computerized programs of analysis.
Different kinds of genetic markers and their applications for different purposes. Methods to obtain polymorphic genetic markers.
Hybridisation-based methods. PCR-based methods to obtain specific, single locus products using organelle and nuclear DNA as template. PCR-based methods to obtain random, semi-random and multi-locus genetic profiles. Development, detection and relevance of Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs). Use of nucleotide sequence polymorphism for phylogenetic inference.
Laboratory
Preparation of character data matrices.
Data processing using softwares for phylogenetic inference.
Total DNA extraction from cheek cells and from invertebrate tissues.
PCR amplification of invertebrate anonimous, polymorphic loci. Agarose gel electrophoresis and cleanup of PCR products for sequencing. Sequence characterisation by comparisons against the GeneBank.
PCR amplification of human loci dimorphic for Alu insertions. Agarose gel electrophoresis.
PCR amplification of human microsatellite polymorphic loci. Electrophoresis on denaturing polyacrilammide gel. Detection by silver staining. Calculation of population parameters using a dedicated software package.
Finalità del corso è di consentire allo studente di comprendere i fondamenti teorici e le metodologie pratiche, sia classiche sia molecolari, alla base degli studi di tassonomia, filogenesi e biologia di popolazioni. Lo studente dovrà essere in grado di discutere criticamente le varie metodologie di indagine; di applicarle correttamente ai diversi problemi di carattere popolazionistico, tassonomico ed evolutivo; di elaborare matrici di caratteri, morfologici e molecolari; di utilizzare programmi di analisi filogenetica.
Il materiale didattico presentato a lezione è disponibile sul sito internet.
I testi base consigliati per il corso sono:
1. Davide Sassi. Elementi di Sistematica biologica. Aracne editrice.
E’ fortemente consigliato l’utilizzo del seguente materiale per approfondimenti e integrazioni:
Il materiale integrativo sarà inserito nella pagina web del corso.
L'esame prevede una prova scritta costituita da domande a risposta multipla e domande aperte. A richiesta dello studente il risultato ottenuto nella prova scritta può essere integrato mediante colloquio orale.
La frequenza alle lezioni non è obbligatoria; per i corsi di laboratorio e le attività di esercitazione relative ai corsi la frequenza è obbligatoria e non può essere inferiore al 70% delle ore previste.Testi consigliati e bibliografia
- Oggetto:
Note
Curriculum Ecologico Ambientale, Curriculum Tecnico Analitico.
- Oggetto:
