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Oggetto:
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Bioinformatica introduttiva

Oggetto:

Introduction to Bioinformatics

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Anno accademico 2023/2024

Codice attività didattica
SVB0029B
Docenti
Ivan Molineris (Titolare)
Corso di studio
Scienze Biologiche D.M. 270
Anno
3° anno
Periodo
Da definire
Tipologia
Affine o integrativo
Crediti/Valenza
3
SSD attività didattica
BIO/13 - biologia applicata
Erogazione
Tradizionale
Lingua
Italiano
Frequenza
Lezioni facoltative e esercitazioni obbligatorie
Tipologia esame
Scritto
Tipologia unità didattica
modulo
Insegnamento integrato
LABORATORIO BIOMOLECOLARE (SVB0029)
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Sommario insegnamento

Oggetto:

Obiettivi formativi

L'insegnamento concorre alla realizzazione degli obiettivi formativi del Corso di Studio in Scienze Biologiche, fornendo allo studente conoscenze di base nell'ambito della Bioinformatica.

L'insegnamento mira quindi a fornire agli studenti/sse:

una conoscenza solida delle principali banche dati genomiche e principi di analisi genomiche.

L'insegnamento si propone altresì di fornire agli studenti/sse:

una conoscenza pratica dell analisi di dati di sequenziamento.

The course contributes to the realization of the objectives of the Biological Sciences Course, providing the student with basic knowledge in the field of Bioinformatics.

The teaching therefore aims to provide students with:

a solid knowledge of the main genomic databases and principles of genomic analysis.

The course also aims to provide students with:

a practical knowledge of the DNA sequencing data analysis.

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Risultati dell'apprendimento attesi

  • Interrogare basi di dati genomiche, proteomiche e di letteratura.
  • Interpretazione funzionale di una sequenza nucleotidica nei formati più comuni presenti in basi di dati.
  • Conoscenza dei formati delle principali basi di dati genomici, proteomici e di letteratura.
  • Conoscenza di alcuni strumenti di analisi delle basi di dati.
  • Analisi con metodi bioinformatici di sequenze genomiche.

CAPACITA' DI APPLICARE CONOSCENZA E COMPRENSIONE: acquisizione delle conoscenze teoriche relative alle banche genomiche e al sequenziamento massivo del DNA.

AUTONOMIA DI GIUDIZIO: acquisizione di autonomia di giudizio con riferimento a scelte di interrogazione banche genomiche e analisi dei dati sperimentali.

ABILITA' COMUNICATIVE: acquisizione di competenze comunicative riferite alla terminologia di base della bioinformatica e nell'analisi dei dati di sequenziamento.

CAPACITA' DI APPRENDIMENTO: acquisizione di capacità di apprendimento applicabili alla bioinformatica.

  • Query genomic, proteomic and literature databases.
  • Functional interpretation of a nucleotide sequence in the most common formats present in databases.
  • Knowledge of the formats of the main genomic, proteomic and literature databases.
  • Knowledge of some database analysis tools.
  • Analysis with bioinformatic methods of DNA sequencing data.

ABILITY TO APPLY KNOWLEDGE AND UNDERSTANDING: acquisition of theoretical knowledge relative to genomic databases and high-troughput DNA sequencing.

AUTONOMY OF JUDGMENT: acquisition of autonomy of judgment with reference to use of public genomic databases and analysis of experimental data.

COMMUNICATION SKILLS: acquisition of communication skills related to the basic terminology of bioinformatics and DNA sequencing data analysis.

LEARNING SKILLS: acquisition of learning skills applicable to bioinformatics.

 

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Programma

  • Consultazione delle banche dati ENTREZ e ENSEMBL per trovare le caratteristiche dei geni e dei genomi e analisi post-genomiche.
  • Genome browser.
  • Introduzione all'allineamento di sequenze.
  • Banche dati della letteratura biomedica (NCBI PubMed) e altre banche dati biologiche.
  • Introduzione alla tecnica RNA-Seq.
  • Introduzione alla tecnica ChIP-Seq.
  • Esperienze di analisi dati in laboratorio informatico.

  • Genes, genomes and post-genomic analysis. Using genomic databases: ENTREZ and ENSEMBL.
  • Genome browsers
  • Introduction to basic sequence alignment 
  • Biomedical literature databases (NCBI PubMed) and other biological databases.
  • Introduction to RNA-Seq
  • Introduction to ChIP-Seq
  • Experience of data analysis in informatic lab
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Modalità di insegnamento

L'insegnamento consiste di 72 ore di lezione, divise in parti uguali tra argomenti teorici ed attività pratiche.

Le lezioni sono in presenza e e in modalità telematica utilizzando la piattaforma WebEx.

Le attività di laboratorio sono obbligatorie e in presenza. Saranno organizzate a piccoli gruppi, secondo le disposizioni di Ateneo.

Le lezioni teoriche e il materiale didattico di supporto dell'attività di laboratorio, verranno registrate e messe a disposizione sulla piattaforma Moodle.

Tutte le lezioni si terranno in presenza. La modalità a distanza (in streaming) potrà essere introdotta su indicazione dell'Ateneo in base alle misure sanitarie relative allo sviluppo della pandemia di COVID-19.

La comunicazione con gli studenti/sse avviene mediante e-mail e con colloqui.

 



The teaching consists of 72 hours of lessons, distributed equaly between theoretical topics and practical activities.

Lessons are in person and online using the WebEx platform.

Laboratory activities are mandatory and in person. They will be organized in small groups, according to the provisions of the University.

The theoretical lessons and the teaching material to support the laboratory activity will be recorded and made available on the Moodle platform.

All lessons will be delivered in presence. Alternative online teaching (by streaming) may be introduced according to the University recommendations related to the status of the COVID-19 pandemic.

Communication with students / sse takes place via e-mail and with interviews.

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Modalità di verifica dell'apprendimento

L'esame consiste in un test con 10 domande a risposta multipla ed aperte, eseguito di norma al computer sulla piattaforma Moodle.

La prova d'esame potrà essere svolta a distanza, tramite collegamento video, nei casi e nelle modalità raccomandate dall'Ateneo in base alle misure sanitarie relative allo sviluppo della pandemia di COVID-19.

Vengono inoltre eseguiti test in itinere o richieste relazioni scritte sulle parti pratiche.

Nei giorni successivi al test, verranno comunicati tutti i voti (relazioni, test in itinere e quiz finale) allo studente.

Lo studente potrà decidere se sostenere una integrazione orale solo nel caso in cui la media finale sia sufficiente (da 18 in su) o appena insufficiente (da 16 in su) purchè gli altri due moduli del corso LABORATORIO BIOMOLECOLARE siano sufficienti.



The exam consists of a test with 10 multiple choice and open-ended questions, normally performed on the computer on the Moodle platform.

Remote examinations may be introduced according to the University recommendations related to the status of the COVID-19 pandemic.

In itinere tests or written reports are also requested on the practical parts.

In the next days after the test all marks (reports, tests and final quiz) will be communicated to the student. The final mark will result from the test mark, report on the practical part and the final test.

The student can decide whether to take an oral integration only if the final average is sufficient (from 18 upwards) or just insufficient (from 16 upwards) provided that the other two modules of the BIOMOLECULAR LABORATORY course are sufficient.

 

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Attività di supporto

Il docente e' disponibile su appuntamento tramite e-mail a chiarire i concetti spiegati nelle lezioni.

 

 

The teacher is available by appointment via e-mail to clarify the concepts explained in the lessons.

 

 

Testi consigliati e bibliografia

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Il materiale didattico presentato a lezione è disponibile sulla piattaforma
Moodle di Facoltà:
http://biologia.i-learn.unito.it/

E' fortemente consigliato l'utilizzo del seguente materiale per
approfondimenti e integrazioni:
- Pdf delle presentazioni e appunti delle lezioni;
- articoli presi dalla letteratura come specificato durante le lezioni.


Testi consigliati

Alcuni capitoli del manuale Fondamenti di bioinformatica
Autore: Manuela Helmer Citterich Fabrizio Ferrè Giulio Pavesi Graziano Pesole Chiara Romualdi
Edizione: 2018
Casa editrice: Zanichelli



The teaching material presented in class is available on the platform Moodle Faculty:

http://biologia.i-learn.unito.it/

It is strongly recommended the use of the following material insights and additions:
- PDF presentations and lecture notes;
- Articles taken from literature as specified in class.

Recommended texts

Some chapters of the manual Fondamenti di bioinformatica
Autore: Manuela Helmer Citterich Fabrizio Ferrè Giulio Pavesi Graziano Pesole Chiara Romualdi
Edizione: 2018
Editor: Zanichelli



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    Ultimo aggiornamento: 14/12/2022 12:21
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