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Oggetto:
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STRUTTURISTICA DI BASE DI MACROMOLECOLE

Oggetto:

STRUCTURE OF MACROMOLECULES

Codice attività didattica
MFN1294B
Docente
Prof.ssa Giovanna Di Nardo
Crediti/Valenza
3
SSD attività didattica
BIO/10 - biochimica
Erogazione
Tradizionale
Lingua
Italiano
Frequenza
Lezioni facoltative e esercitazioni obbligatorie
Tipologia esame
Scritto
Tipologia unità didattica
modulo
Insegnamento integrato
LABORATORIO BIOMOLECOLARE (non attivato nel 2016/17) (MFN1294)
Prerequisiti
Chmica generale e inorganica, chimica organica, biochimica
Propedeutico a
Attività di laboratorio pratico.
Lauree Magistrali in discipline biologiche.
Oggetto:

Sommario insegnamento

Oggetto:

Obiettivi formativi

Lo studente acquisisce gli elementi di base per capire la funzione delle molecole biologiche sulla base della loro struttura chimica e tridimensionale. Acquisisce esperienza diretta sulla visualizzazione e l'analisi della struttura 3D di proteine. Inoltre, vengono forniti gli elementi teorici di base per la cristallografia ai raggi x e la risonanza magnetica nucleare (NMR) applicati allo studio della struttura delle macromolecole biologiche.

The student acquires the basic elements to understand the function of biological molecules based on their chemical and three-dimensional structure. The student aquires direct experience on visualization and analysis of protein structures. Moreover, the theoretical and fundamental elements of  crystallography and nuclear magnetic resonance applied to the study of the 3D structure of biomacromolecules are provided.

Oggetto:

Risultati dell'apprendimento attesi

CONOSCENZA E CAPACITÀ DI COMPRENSIONE. Conoscenza dei diversi livelli strutturali delle proteine e loro rappresentazione grafica. Interpretazione in termini  strutturali del ripiegamento nello spazio della catena polipeptidica. Interpretazione in termini funzionali i siti di legame e i siti catalitici di proteine/enzimi partendo  dalla natura degli amino acidi che li costituiscono.

CAPACITÀ DI APPLICARE CONOSCENZA E COMPRENSIONE
Visualizzare, calcolare e studiare le strutture proteiche con l’uso della grafica molecolare.

AUTONOMIA DI GIUDIZIO
Riconoscimento di molecole e di strutture in basi di dati o in rappresentazione grafica.
Interpretazione di protocolli di base di biologia molecolare.

ABILITÀ COMUNICATIVE
Elaborato scritto illustrato sull'analisi di una struttura proteica.

CAPACITÀ DI APPRENDIMENTO
Familiarità con banche dati proteiche e strumenti disponibili in rete.

KNOWLEDGE AND UNDERSTANDING Knowledge of the different structural levels of proteins and their graphic representation.

Structural interpretation of the folding of the polypeptide chain in 3D space.

Interpretation in terms of functional binding sites and catalytic sites of proteins / enzymes, starting from the nature of the amino acids that constitute them.

APPLYING KNOWLEDGE AND UNDERSTANDING

Visualize, calculate and study the protein structures with the use of molecular graphics.

JUDGEMENT

Recognition of molecules and structures in databases or in graphical representation.

COMMUNICATION SKILLS

Written report on the analysis of a protein structure.

 LEARNING SKILLS

Familiarity with protein databases and tools available on the web.

Oggetto:

Programma

Amminoacidi: proprietà e classificazione.
Il legame peptidico e la struttura primaria.
Gli angoli ψ, φ e il plot di Ramachandran.
Elementi della struttura secondaria delle proteine.
I principali motivi strutturali: esempi di motivi conservati.
Predizione della struttura secondaria delle proteine: metodo di Chou- Fasman.
Struttura terziaria e quaternaria.
Il folding delle proteine.
Forze che guidano il folding.
I domini: classificazione e significato funzionale di alcuni domini conservati.
Fondamenti di NMR.
Fondamenti di cristallografia.
Strumenti bioinformatici: visualizzazione di proteine tramite pdb viewer, modelling per omologia.
Banche dati proteiche
Expasy: mezzi per l’analisi della sequenza proteica
Allineamenti di sequenza (multialin)
Utilizzo del software SPDB Viewer per la visualizzazione e l'analisi di strutture proteiche

Amino acids: properties and classification.
The peptide bond and the primary structure.
The angles ψ, φ and the Ramachandran plot.
Elements of the secondary structure of proteins.
The main structural motifs: Examples of conserved motifs.
Prediction of the secondary structure of proteins: method of Chou-
Fasman.
Tertiary and quaternary structure.
The protein folding.
Forces driving the folding.
Domains: classification and functional significance of some conserved
domains.
Basics of NMR.
Fundamentals of crystallography.
Bioinformatics tools: display of proteins by pdb viewer, for homology
modeling.
Protein databases
ExPASy: the means for the analysis of protein sequence
Sequence alignments (multialin)
Use of the software SPDB Viewer for visualization and analysis of protein
structures

Oggetto:

Modalità di insegnamento

Lezioni fronatli: 12 ore; Esercitazioni di laboratorio: 12 ore.

 La frequenza alle lezioni è facoltativa, mentre al laboratorio è obbligatoria.

Lectures: 12 hours; Practicals: 12 hours

Lecture attendance is optional, while practicals is compulsory.

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Modalità di verifica dell'apprendimento

Un test con domande a risposta multipla ed aperte, eseguito di norma a computer sulla piattaforma Moodle (50% del voto sul modulo di Strutturistica).
Una relazione sull'analisi di una struttura proteica scelta dallo studente (50% del voto sul modulo di Strutturistica).

Il voto finale del modulo è espresso in 30esimi e viene mediato con i risultati degli altri due moduli.

A test with multiple choice and/or open questions, performed normally on the computer platform Moodle (50% on the module Structure of Macromolecules).
A report on the analysis of a protein structure chosen by the student (50% on the module Structure of Macromolecules).

The final grade will be expressed in a maximum of 30 and it is averaged with the grades from the other 2 modules of the course.

 

Testi consigliati e bibliografia

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- Branden e Tooze: Introduction to protein structure . Second Edition - Garland Publ Inc.

- Slides delle lezioni

- Tutorial di laboratorio

- Branden e Tooze: Introduction to protein structure . Second Edition - Garland Publ Inc.

- Lectures slides

- Practicals tutorial



Registrazione
  • Aperta
    Apertura registrazione
    01/03/2020 alle ore 00:00
    Chiusura registrazione
    31/12/2022 alle ore 23:55
    Oggetto:
    Ultimo aggiornamento: 20/05/2015 14:17
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