Corso di laurea in Scienze Biologiche (L-13)

Laboratorio Integrato di Biologia Computazionale

Anno accademico 2007/2008

Sommario insegnamento

• Obiettivi formativi
• Programma
• Testi consigliati e bibliografia
• Strumenti didattici

Obiettivi formativi

Obiettivi
Fornire una competenza minima su alcune risorse bioinformatiche di base. In particolare il corso conterrà:
o l’introduzione ad un paio di database di sequenze e annotazioni genomiche, fornendo gli strumenti per un loro utilizzo basato su risorse web.
o l’introduzione ad un paio di algoritmi di allineamento di sequenze, fornendo gli strumenti per un loro utilizzo basato su risorse web.
o l’introduzione ad alcuni concetti di analisi di dati di microarray, con esempi basati sull’uso di un foglio di calcolo.
o l'introduzione a concetti di Cristallografia e di Risonanza Magnetica nello studio della strutturistica delle proteine.
o l'introduzione alla pratica di alcuni software di pubblico dominio, per l'analisi delle strutture molecolari e per il calcolo dell'energia minima in una proteina, quali RasMol e SPDBview.
o l'introduzione ad alcuni sistemi di dati di strutturistica, con esempi orientati all'individuazione di patologie molecola (ad esempio, studio di mutazioni nel contesto dei tumori)

Programma

1.    Conoscenza di base di strumenti per l'elaborazione e il trattamento dei dati

2.    Uso di database genomici: ENTREZ

3.    Uso di database genomici: ENSEMBL

4.    Introduzione all'allineamento di sequenze: algoritmi di Needleman-Wunsch e Smith-Waterman

5.    Algoritmi di allineamento euristici: BLAST e FASTA

6. Analisi di dati di espressione genica: individuazione di geni differenzialmente espressi

7. Uso di database per la letteratura biomedica (PubMed di NCBI)

8. Introduzione agli algoritmi di predizione della struttura secondaria nelle proteine

9. Introduzione ad algoritmi di hashing geometrico per l'allineamento di strutture proteiche in 3D

10. Algoritmi per lo studio e l'evidenziamento degli aminoacidi in una proteina

11. Analisi di dati di proteine nell'ambito della patologia molecolare

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