- Oggetto:
- Oggetto:
Laboratorio Integrato di Biologia Computazionale
- Oggetto:
Anno accademico 2009/2010
- Codice dell'attività didattica
- B8610
- Docenti
- Prof. Michele De Bortoli
Dott. Davide Corà - Corso di studi
- Scienze Biologiche
- Anno
- 3° anno
- Periodo didattico
- Secondo periodo didattico
- Tipologia
- A scelta dello studente
- Crediti/Valenza
- 4 crediti
- SSD dell'attività didattica
- BIO/11 - biologia molecolare
- Oggetto:
Sommario insegnamento
- Oggetto:
Obiettivi formativi
Finalità
Una introduzione teorico-pratica alle banche dati genomiche, di sequenze nucleotidiche, proteiche e di struttura proteica, ed all applicazione di strumenti informatici per il recupero e linterpretazione delle informazioni.Obiettivi
Fornire una competenza minima su alcune risorse bioinformatiche di base. In particolare il corso conterrà:
o lintroduzione ad un paio di database di sequenze e annotazioni genomiche, fornendo gli strumenti per un loro utilizzo basato su risorse web.
o lintroduzione ad un paio di algoritmi di allineamento di sequenze, fornendo gli strumenti per un loro utilizzo basato su risorse web.
o lintroduzione ad alcuni concetti di analisi di dati di microarray, con esempi basati sulluso di un foglio di calcolo.
o l'introduzione a concetti di Cristallografia e di Risonanza Magnetica nello studio della strutturistica delle proteine.
o l'introduzione alla pratica di alcuni software di pubblico dominio, per l'analisi delle strutture molecolari e per il calcolo dell'energia minima in una proteina, quali RasMol e SPDBview.
o l'introduzione ad alcuni sistemi di dati di strutturistica, con esempi orientati all'individuazione di patologie molecola (ad esempio, studio di mutazioni nel contesto dei tumori)- Oggetto:
Programma
1. Conoscenza di base di strumenti per l'elaborazione e il trattamento dei dati
2. Uso di database genomici: ENTREZ
3. Uso di database genomici: ENSEMBL
4. Introduzione all'allineamento di sequenze: algoritmi di Needleman-Wunsch e Smith-Waterman
5. Algoritmi di allineamento euristici: BLAST e FASTA
6. Analisi di dati di espressione genica: individuazione di geni differenzialmente espressi
7. Uso di database per la letteratura biomedica (PubMed di NCBI)
8. Introduzione agli algoritmi di predizione della struttura secondaria nelle proteine
9. Introduzione ad algoritmi di hashing geometrico per l'allineamento di strutture proteiche in 3D
10. Algoritmi per lo studio e l'evidenziamento degli aminoacidi in una proteina
11. Analisi di dati di proteine nell'ambito della patologia molecolare
Testi consigliati e bibliografia
- Oggetto:
- Materiale didattico
Il materiale didattico presentato a lezione è disponibile presso:
http://biologia.campusnet.unito.it/cgi-bin/corsi.pl/Search?title=In%20ordine%20alfabetico&first=100 - Oggetto: