- Oggetto:
- Oggetto:
Bioinformatica introduttiva
- Oggetto:
BIOINFORMATIC
- Oggetto:
Anno accademico 2020/2021
- Codice dell'attività didattica
- SVB0029B
- Docente
- Ivan Molineris
- Insegnamento integrato
- LABORATORIO BIOMOLECOLARE (SVB0029)
- Corso di studi
- Scienze Biologiche D.M. 270
- Anno
- 3° anno
- Periodo didattico
- Da definire
- Tipologia
- Affine o integrativo
- Crediti/Valenza
- 3
- SSD dell'attività didattica
- BIO/13 - biologia applicata
- Modalità di erogazione
- Tradizionale
- Lingua di insegnamento
- Italiano
- Modalità di frequenza
- Lezioni facoltative e esercitazioni obbligatorie
- Tipologia d'esame
- Scritto
- Oggetto:
Sommario insegnamento
- Oggetto:
Obiettivi formativi
L'insegnamento concorre alla realizzazione degli obiettivi formativi del Corso di Studio in Scienze Biologiche, fornendo allo studente conoscenze di base nell'ambito della Bioinformatica.
Attraverso esercitazioni pratiche lo studente acquisirà competenze nell'utilizzo di banche dati genomiche e principi di analisi dati.
The course contributes to the realization of the objectives of the Biological Sciences Course, providing the student with basic knowledge in the field of Bioinformatics.
Through practical exercises the student will acquire skills in the use of genomic databases and data analysis principles.
- Oggetto:
Risultati dell'apprendimento attesi
- Interrogare basi di dati genomiche, proteomiche e di letteratura.
- Interpretazione funzionale di una sequenza nucleotidica nei formati più comuni presenti in basi di dati.
- Conoscenza dei formati delle principali basi di dati genomici, proteomici e di letteratura.
- Conoscenza di alcuni strumenti di analisi delle basi di dati.
- Analisi con metodi bioinformatici dell'identità e delle caratteristiche di un gene / proteina.
- Query genomic, proteomic and literature databases.
- Functional interpretation of a nucleotide sequence in the most common formats present in databases.
- Knowledge of the formats of the main genomic, proteomic and literature databases.
- Knowledge of some database analysis tools.
- Analysis with bioinformatic methods of the identity and characteristics of a gene / protein.
- Oggetto:
Modalità di insegnamento
A causa dell'emergenza COVID-19, le lezioni si svolgeranno live streaming su webex. Verranno inoltre registrate e messe a disposizione sulla piattaforma Moodle il giorno della lezione.
Le esercitazioni obbligatorie saranno organizzate in piccoli gruppi in laboratorio a seconda delle regole date dalla situazione sanitaria e, in ogni caso, accessibili live streaming su webex e registrate per essere disponibili sulla piattaforma Moodle.
La frequenza ai laboratori deve essere almeno del 75%.
Due to the COVID-19 emergency, the lessons will take place in live streaming on webex. They will also be registered and made available on the Moodle platform on the day of the lesson.
The mandatory practicals will be organized in small groups in the laboratory according to the rules given by the sanitary situation and, in any case, accessible and live streaming on webex and registered to be available on the Moodle platform.
Attendance at the practicals must be at least 75%.
- Oggetto:
Modalità di verifica dell'apprendimento
L'esame consiste in un test con 10 domande a risposta multipla ed aperte, eseguito di norma al computer sulla piattaforma Moodle.
Data l'emergenza COVID-19, nel caso in cui gli esami vengano svolti a distanza, la supervisione degli studenti verrà effettuata tramite piattaforma Webex. Inoltre, una domanda su uno dei 3 moduli verrà effettuata oralmente e potranno essere effettuate ulteriori verifiche con domande orali a campione.
Vengono inoltre eseguiti test in itinere o richieste relazioni scritte sulle parti pratiche.
Nei giorni successivi al test, verranno comunicati tutti i voti (relazioni, test in itinere e quiz finale) allo studente.
Lo studente potrà decidere se sostenere una integrazione orale solo nel caso in cui la media finale sia sufficiente (da 18 in su) o appena insufficiente (da 16 in su) purchè gli altri due moduli del corso LABORATORIO BIOMOLECOLARE siano sufficienti.
The exam consists of a test with 10 multiple choice and open-ended questions, normally performed on the computer on the Moodle platform.
Given the COVID-19 emergency, in the event that the exams are carried out remotely, students will be supervised via the Webex platform. In addition, a question on one of the 3 modules will be carried out orally and further oral questions can be randomly asked to the students.
In itinere tests or written reports are also requested on the practical parts.
In the next days after the test all marks (reports, tests and final quiz) will be communicated to the student. The final mark will result from the test mark, report on the practical part and the final test.
The student can decide whether to take an oral integration only if the final average is sufficient (from 18 upwards) or just insufficient (from 16 upwards) provided that the other two modules of the BIOMOLECULAR LABORATORY course are sufficient.
- Oggetto:
Programma
- Consultazione delle banche dati ENTREZ e ENSEMBL per trovare le caratteristiche dei geni e dei genomi e analisi post-genomiche.
- Genome browser.
- Introduzione all'allineamento di sequenze.
- Banche dati della letteratura biomedica (NCBI PubMed) e altre banche dati biologiche.
- Introduzione alla tecnica RNA-Seq.
- Introduzione alla tecnica ChIP-Seq.
- Esperienze di analisi dati in laboratorio informatico.
- Genes, genomes and post-genomic analysis. Using genomic databases: ENTREZ and ENSEMBL.
- Genome browsers
- Introduction to basic sequence alignment
- Biomedical literature databases (NCBI PubMed) and other biological databases.
- Introduction to RNA-Seq
- Introduction to ChIP-Seq
- Experience of data analysis in informatic lab
Testi consigliati e bibliografia
- Oggetto:
Il materiale didattico presentato a lezione è disponibile sulla piattaforma
Moodle di Facoltà:
http://biologia.i-learn.unito.it/E' fortemente consigliato l'utilizzo del seguente materiale per
approfondimenti e integrazioni:
- Pdf delle presentazioni e appunti delle lezioni;
- articoli presi dalla letteratura come specificato durante le lezioni.
Testi consigliatiAlcuni capitoli del manuale Fondamenti di bioinformatica
Autore: Manuela Helmer Citterich Fabrizio Ferrè Giulio Pavesi Graziano Pesole Chiara Romualdi
Edizione: 2018
Casa editrice: Zanichelli
The teaching material presented in class is available on the platform Moodle Faculty:
http://biologia.i-learn.unito.it/
It is strongly recommended the use of the following material insights and additions:
- PDF presentations and lecture notes;
- Articles taken from literature as specified in class.Recommended texts
Some chapters of the manual Fondamenti di bioinformatica
Autore: Manuela Helmer Citterich Fabrizio Ferrè Giulio Pavesi Graziano Pesole Chiara Romualdi
Edizione: 2018
Editor: Zanichelli- Oggetto:
